El canvi de Govern que es va produir el maig de 1997 no va millorar, a curt termini, la situació dels drets humans al país tal com evidencien els diferents informes d'organitzacions com Amnistia Internacional. El tipus de govern que es va imposar es caracteritzava per ser autoritari i personalista, va prioritzar, per una banda, la concentració de poders en la figura de Kabila i, per l'altra, la repressió de les veus crítiques amb el Govern que demanaven la democratització del país. Segons el relator especial de les Nacions Unides en l'informe d'octubre de 1997, «el règim ha fet tabula rasa amb els drets civils a la vida, la llibertat, la integritat física, etc.»; al seu torn, el relator afirma l'existència d'un clima de violència, inseguretat, desinformació i manca de participació potenciat per les desaparicions forçades, atemptats a la llibertat d'expressió, tortura, impunitat generalitzada respecte a assassinats i tortures comeses per membres de l'AFDL, robatoris amb agressió comesos per membres de l'AFDL, assassinats polítics, intimidació i detenció dels opositors de Kabila, privació de llibertat per motius polítics, religiosos o culturals, etc. Des de 1997, any en què es va aprovar la creació d'una Cort d'Ordre Militar, s'aplica la pena de mort amb molta freqüència i rapidesa.
A partir de la rebel·lió de 1998, les relacions entre tutsis i l'AFDL de Kabila es van trencar completament. Des del Govern es van llençar missatges que potenciaven l'odi i la neteja ètnica. S'associaven tots els tutsis amb la rebel·lió. Els mitjans de comunicació -dominats pel Govern- van servir per potenciar aquests missatges que van arribar a la població civil, que, al seu torn, es va involucrar en el conflicte. En general es va produir un empitjorament de la situació, ja pèssima, dels drets humans al país.
Tal com evidencia el relator especial de les Nacions Unides en el seu informe de febrer de 1999 la resposta del Govern a la rebel·lió va ser molt violenta. No només es va incitar la població a l'odi ètnic si no que l'Exèrcit i altres forces de seguretat van cometre execucions sumàries contra tutsis o contra sospitosos d'ajudar els rebels. Als tutsis i als sospitosos d'ajudar als rebels se'ls va detenir arbitràriament (fins i tot es va arribar a detenir nens), es van bombardejar poblacions civils de manera indiscriminada, les violacions de dones tutsis també es van convertir en un mètode de guerra i es va continuar amb el reclutament d'infants per lluitar. Així mateix, es constaten les crides des del Govern a la mobilització de la població en Forces d'Autodefensa Popular (FAP) que van permetre l'augment de la circulació d'armes i van potenciar la violència. També es constata l'existència de presos polítics (són detinguts sense motiu aparent sacerdots, estudiants, militars, polítics, periodistes, etc.) i la repressió dels crítics al govern de Kabila. D'altra banda, l'aplicació de la pena de mort, les desaparicions forçades, l'exercici sistemàtic de la tortura, etc., que ja es produïen durant 1997, s'han d'unir a l'accentuació de la discriminació per motius racials o regionals. Aquestes informacions han estat confirmades i ampliades per organitzacions com Amnistia Internacional.
Per la seva part, els rebels de l'RCD que dominen una gran part del territori congolès no compten amb el suport de la població, que entén la rebel·lió com una ocupació rwandesa o ugandesa. Per evitar la pèrdua de control sobre la població, l'RCD ha constituït durant 1999 «grups d'autodefenses» i per legitimar el seu domini han creat una mena de Parlament no elegit democràticament.
Des de l'agost de 1998, els rebels han obstaculitzat el treball d'organitzacions humanitàries, han realitzat massacres, atacs a les poblacions civils, assassinats per motius polítics, detencions arbitràries i deportacions (cap a Rwanda), han practicat la tortura contra presoners, han violat dones congoleses com a acte de guerra, qualsevol persona sospitosa de no donar suport a la rebel·lió és susceptible de ser víctima de represàlies,.... S'estableix una discriminació ètnica, de manera que aquelles persones d'ètnia tutsi reben privilegis que els són denegats als no tutsis. A més, el pillatge és molt comú i les detencions són arbitràries. La situació de les ONG de la zona és molt delicada (són sotmeses a pillatges i amenaces) i alguns dels seus membres han de fugir per salvar la vida. A partir de 1999, i a causa de l'escissió de l'RCD en l'RCD - Goma i l'RCD - Kisangani, s'han dut a terme enfrontaments armats entre totes dues faccions.
El conflicte ha generat onades de refugiats i desplaçats que busquen zones segures on poder establir-se temporalment. Com és cada cop més habitual, desgraciadament, la població civil, tant en el territori dominat pels rebels com en el territori sota domini de l'AFDL, viu en un clima de terror i és la principal víctima del conflicte.
Amnistia Internacional , en anglès. És una de les organitzacions de denúncia de violacions de drets humans més prestigioses del món, a la seva pàgina web trobareu informació sobre drets humans, campanyes, informes, etc. Aquesta organització disposa de seus arreu del món en la qual el treball és voluntari. Amnistia Internacional també disposa d'una web on els informes estan en castellà, la seva adreça és: http://www.amnesty-usa.org/.
Human Rights Watch, en anglès. Organització d'àmbit internacional de denúncia de violacions de drets humans. Interessant pàgina on es poden trobar accions urgents, notícies, informes sobre drets humans per països, etc.