En cuanto a las violaciones del derecho a la vida, en México se han incrementado y gozan de una total impunidad, especialmente en las zonas militarizadas. Los actores señalados como autores de la mayoría de los delitos asociados a la violación del derecho de la vida son el ejército, los cuerpos de seguridad del Estado y los grupos paramilitares. Los casos de tortura, tratamientos crueles e inhumanos, detenciones arbitrarias, intimidación, etc., continúan produciéndose. Y se justifican con argumentos de lucha contra la insurrección y contra la delincuencia. La mayoría de las violaciones de los Derechos Humanos son consecuencia de la actuación del ejército o de los grupos paramilitares que actúan en diversas zonas del país (Chiapas, Guerrero, etc.). En cuanto a los casos de tortura, Amnistía Internacional afirma que hay muchos en México a causa, entre otras cuestiones, de las deficiencias en el sistema judicial (los jueces admiten confesiones obtenidas bajo tortura) y de los déficits que sufre la policía judicial mexicana.
Asimismo, parece que la práctica de las detenciones arbitrareis y de las desapariciones también se convirtieron hacia finales de 1998 en una práctica habitual en México. Las desapariciones se convirtieron en un problema grave en México a partir de 1994. Desde Amnistía Internacional se apunta a la posibilidad de que la impunidad de que gozan esta serie de delitos genere una oleada de desapariciones bajo la pasividad de las autoridades. En el caso de las desapariciones, tal como afirma la organización internacional, ni los desaparecidos ni sus familiares tienen recursos ante la ley mexicana para poder hacer justicia. La impunidad de acciones y de culpables se refleja también en el caso de las ejecuciones extrajudiciales.
Asimismo, el Departamento de Estado de los Estados Unidos también identifica al ejército mexicano y a la policía como causantes de ejecuciones extrajudiciales y desapariciones. En este último caso se señala que muchas desapariciones van acompañadas de tortura y muerte de la víctima. Entre los métodos utilizados para torturar, el Departamento de Estado señala que los más comunes son las amenazas, los golpes, la asfixia, los electrochoques y las agresiones sexuales. A pesar de las denuncias hechas, en pocas ocasiones se castiga a los culpables.
Al mismo tiempo se continúan detectando en México casos de presos de consciencia, la mayoría líderes campesinos y sociales y defensores de los Derechos Humanos. También se recogieron casos de fustigación y de amenazas de muerte a defensores de los Derechos Humanos y periodistas.
Además, los defensores del Derechos Humanos han sufrido amenazas y ataques pero también han sido víctimas de ejecuciones extrajudiciales y de desapariciones. Según Amnistía Internacional, el aumento de la violencia contra estos activistas se inició en 1992. Pero el principal problema era y es la impunidad con que las violaciones de los Derechos Humanos se penalizan. Según Amnistía Internacional, "las autoridades han denegado todas las responsabilidades por estos abusos", que se centran básicamente en amenazas e intimidaciones, pero que han llegado a ser mucho más graves.
Se ha de señalar que las críticas hacia la CNDH engloban tanto su falta de independencia como la falta de resultados visibles obtenidos, ya que si bien este organismo puede realizar toda una serie de recomendaciones, éstas no son obligatorias y, como señala la FIDH, la mayoría de veces quedan en "letra muerta". Además, las diversas reformas del Código penal y de la Constitución federal han planteado, según la opinión de algunas ONG de defensa de los Derechos Humanos, la introducción dentro del marco de la legalidad de actuaciones que hasta entonces quedaban fuera. Human Rights Watch (Informe sobre la situación de los Derechos Humanos en México, 1999) opina que las acciones del presidente Zedillo debilitaban la protección de los Derechos Humanos "al imponer nuevas restricciones a los observadores internacionales de Derechos Humanos e iniciar reformas constitucionales dirigidas a combatir la delincuencia mediante la limitación de los derechos de los sospechosos".
Informes de Derechos Humanos de 2005: