Quant a les violacions del dret a la vida, a Mèxic s’han incrementat i gaudeixen d’una total impunitat, especialment a les zones militaritzades. Els actors assenyalats com a autors de la majoria dels delictes associats a la violació del dret de la vida són l’exèrcit, els cossos de seguretat de l’Estat i els grups paramilitars. Els casos de tortura, tractaments cruels i inhumans, detencions arbitràries, intimidació, etc., continuen produint-se. I es justifiquen amb arguments de lluita contra la insurrecció i contra la delinqüència. La majoria de les violacions dels drets humans són conseqüència de l’actuació de l’exèrcit o dels grups paramilitars que actuen a diverses zones del país (Chiapas, Guerrero, etc.). Quant als casos de tortura, Amnistia Internacional afirma que n’hi ha molts a Mèxic a causa, entre altres qüestions, de les deficiències en el sistema judicial (els jutges admeten confessions obtingudes sota tortura) i dels dèficits que pateix la policia judicial mexicana.
Així mateix, sembla que la pràctica de les detencions arbitràries i de les desaparicions també es va convertir cap al final de 1998 en una pràctica habitual a Mèxic. Les desaparicions han esdevingut un problema greu a Mèxic a partir de 1994. Des d'Amnistia Internacional s'apunta la possibilitat que la impunitat de què gaudeixen aquesta mena de delictes generi una onada de desaparicions sota la passivitat de les autoritats. En el cas de les desaparicions, tal com afirma l’organització internacional, ni els desapareguts ni els seus familiars tenen recursos davant la llei mexicana per poder fer justícia. La impunitat d’accions i de culpables es reflecteix també en el cas de les execucions extrajudicials.
Així mateix, el Departament d’Estat dels Estats Units també identifica l’exèrcit mexicà i la policia com a causants d’execucions extrajudicials i desaparicions. En aquest últim cas s’assenyala que moltes desaparicions van acompanyades de tortura i mort de la víctima. Entre els mètodes utilitzats per torturar, el Departament d’Estat assenyala que els més comuns són les amenaces, els cops, l’asfixia, els electroxocs i les agressions sexuals. Tot i les denúncies fetes, en poques ocasions es castiga els culpables.
Alhora es van continuar detectant a Mèxic casos de presos de consciència, la majoria líders camperols i socials i defensors dels drets humans. També es van recollir casos de fustigació i d’amenaces de mort a defensors dels drets humans i periodistes.
A més, els defensors del drets humans han patit amenaces i atacs però també han estat víctimes d’execucions extrajudicials i de desaparicions. Segons Amnistia Internacional, l’augment de la violència contra aquests activistes es va iniciar el 1992. Però el principal problema era i és la impunitat amb què les violacions dels drets humans es penalitzen. Segons Amnistia Internacional, «les autoritats han denegat totes les responsabilitats per aquests abusos», que se centren bàsicament en amenaces i intimidacions, però que han arribat a ser molt més greus.
S’ha d’assenyalar que les crítiques cap a la CNDH engloben tant la seva manca d’independència com la manca de resultats visibles obtinguts, ja que si bé aquest organisme pot realitzar tota una sèrie de recomanacions, aquestes no són obligatòries i, com assenyala la FIDH, la majoria de vegades queden en «lletra morta». A més, les diverses reformes del Codi penal i de la Constitució federal han plantejat, segons l’opinió d’algunes ONG de defensa dels drets humans, la introducció dins el marc de la legalitat d’actuacions que fins aleshores en quedaven fora. Human Rights Watch (Informe sobre la situació dels drets humans a Mèxic, 1999) opina que les accions del president Zedillo debilitaven la protecció dels drets humans «en imposar noves restriccions als observadors internacionals de drets humans i iniciar reformes constitucionals adreçades a combatre la delinqüència mitjançant la limitació dels drets dels sospitosos».