El 1998 es torna a enregistrar a Chiapas, Oaxaca i Guerrero un increment de les violacions dels drets a la vida, a la integritat i a la llibertat personal.
Segons el Centre de Drets Humans Fray Francisco de Vitoria OP i la Comissió Mexicana de Defensa i Promoció de Drets Humans AC, si en el passat les violacions del dret a la vida (execucions extrajudicials i arbitràries) s’havien produït de manera individualitzada, sembla que a partir de 1998 s’introdueix un nou element: les execucions col·lectives. Només cal veure els casos d’Acteal a Chiapas o d’El Charco a Guerrero. Així mateix, en aquestes ocasions no s’han resolt judicialment aquests casos i no s’ha aclarit, segons Amnistia Internacional, la presumpta responsabilitat de les autoritats en les execucions extrajudicials.
A més a més, i en funció del que diu la Federació Internacional de Drets Humans(FIDH), el 1998 les zones de l’Estat de Chiapas en què la situació dels drets humans era més crítica eren Norte, Altos i Sierra Madre de Chiapas. Totes tres zones es caracteritzen per un clima de violència propiciat per l’aparició i actuació de grups paramilitars que aterroritzen la població civil. L’actuació dels grups paramilitars ha generat moltes morts, roman impune i en moltes ocasions es realitza amb la complicitat passiva, i fins i tot activa, de l’exèrcit i de les autoritats.
Així mateix, la militarització de Chiapas (ocupació militar i ingerència de l’exèrcit i d’altres instàncies de seguretat pública), justificada en els àmbits federal i estatal com una mesura de protecció de la població, ha tingut dos efectes principals: una suspensió de fet de les garanties constitucionals dels habitants de l’Estat (en especial de la població indígena i camperola), i la creació d’un clima d’inseguretat i de descomposició social entre les comunitats de Chiapas. En aquest últim sentit, l’actuació dels paramilitars també és important perquè crea situacions conflictives dins les mateixes comunitats, ja que introdueixen elements de discòrdia i d’enfrontament entre els membres de la comunitat, en especial entre els afiliats al PRI (la majoria dels quals gaudeixen d’avantatges socials i estan protegits per l’exèrcit) i els opositors. En algunes de les comunitats el conflicte s’ha resolt optant per l’establiment de municipis «lliures» o «rebels».
D'altra banda, l’alçament zapatista de 1994 i l’aparició de l’EPR el 1996 han tingut com a conseqüències més importants la utilització de mètodes repressius i il·legals com ara les detencions il·legals i arbitràries, detencions clandestines i segrestos, desaparicions, execucions extrajudicials, etc., que estan acreditades per diferents organitzacions, entre les quals hi ha l’Organització Mundial Contra la Tortura.
També s’han detectat tot un seguit d’irregularitats en els processos judicials, que van des de l’acceptació de confessions obtingudes sota tortura fins a l’acceptació de processos en els quals els indígenes monolingües no disposaven d’intèrprets. Segons el Centre de Drets Humans Fray Bartolomé de las Casasla impartició de la justícia té relació amb l’afiliació política d’agressors i víctimes en el cas que els crims no quedin impunes i, en aquest cas, els afavorits en les sentències serien els afiliats al PRI i no els considerats com a opositors. La impunitat dels crims i dels criminals, i la repetició d’actes que suposen una violació dels drets humans, impliquen l’existència d’una manca de voluntat política per aclarir aquestes actuacions i castigar els culpables.
La FIDH també denuncia que la repressió afecta sobretot dirigents
socials, mestres rurals bilingües, membres d’organitzacions camperoles,
membres d’associacions per a la defensa dels drets humans, membres dels PRD,
etc. Així mateix, s’aguditza l’important conflicte agrari de Chiapas
a causa de l’incompliment de la Convenció
169 de la OIT (Organització Internacional del Treball),
ratificada per Mèxic i definida com a l’instrument més important
per a la protecció dels drets indígenes.
Segons el Centre de Drets Humans Fray Bartolomé de las Casas, les accions de l’Exèrcit mexicà es van identificar en relació amb un patró de conducta en el qual es violen un o més drets de la població indígena de la zona. En aquest patró s’engloben violació del domicili, despullament i dany a la propietat personal, robatori de pertinences, amenaces, acusacions falses o arbitràries, obstrucció al lliure trànsit i parcial detenció de la comunitat, treball forçat, ingerència en els estructures comunitàries i violació dels drets de Chiapas com a poble indígena, etc. En gairebé totes les situacions els autors materials són coneguts i gaudeixen de total impunitat.
Les condicions de vida dels desplaçats són dolentes i han estat denunciades en moltes ocasions per diferents ONG i també per la diòcesi de San Cristóbal de las Casas. Aquesta diòcesi ha expressat en diverses ocasions el suport als desplaçats i ha denunciat a través del Centre de Drets Humans Fray Bartolomé de las Casas les condicions de vida d’aquestes persones i la repressió que pateixen.
Tal com recull el Boletín de Prensa del Centre de Drets Humans Fray Bartolomé de las Casas del 3 de març de 1999, a Chiapas, la violència contra els defensors dels drets humans és vigent. En aquells moments, a l’informe es confirmava l’existència d’un increment de casos de violència contra les organitzacions de drets humans i contra els seus activistes, en els quals «el comú denominador és la fustigació, i la violència pot explicar-se en el context de la Guerra de Baixa Intensitat que hi ha a l’Estat i en el moment en què es prepara la Consulta Nacional del EZLN». Els activistes d’ONG són els principals receptors d’amenaces, robatoris, i danys materials i personals. Així mateix, les ONG per a què treballen també pateixen danys en diferents àmbits, des de l’àmbit material (com ara trencament de vidres) fins a atacs al posicionament en contra de la violència. El Departament d’Estat dels Estats Units també denuncia aquesta situació.
Ja el 1996 es denuncia l’activitat d’ingerència dels mitjans de comunicació anomenats oficialistes -els dominats per l'aleshores partit del Govern (PRI) o que s’hi senten més propers- i les acusacions d’aquests a les ONG de l’Estat de Chiapas, a les quals s’ha arribat a acusar «de defensar criminals i d’impedir que l’estat de dret pugui establir-se en plenitud a l’Estat de Chiapas».
Segons la Xarxa d’Organismes Civils de Drets Humans, Tots els Drets per
a Tots la diòcesi de San Cristóbal, que sobresurt pel seu
paper com a defensora dels drets humans, ha hagut d’enfrontar-se a diferents
atacs. A l’informe es diu que els atacs provenen de «grups locals de poder,
d’autoritats locals i estatals, i de mitjans de comunicació de tipus
oficialista», i els atacats són agents de la diòcesi que
han estat agredits físicament o acusats falsament per funcionaris estatals,
tal com ho recull l’informe mencionat.